Terceiro museu de arte mais antigo do Brasil.
Em seu acervo, que reúne mais de mil obras, destacam-se os melhores artistas catarinenses e nomes como Di Cavalcanti, Djanira, Panceti, Burle Marx e Iberê Camargo.

De segunda a sexta-feira, a partir das 16 horas, na Sala Multimídia, são exibidos filmes de qualidade, brasileiros e estrangeiros. Em função de acordo estabelecido entre uma distribuidora de vídeo e a direção do MIS, as pessoas podem assistir aos filmes gratuitamente. Este espaço também é cedido gratuitamente a pessoas que queiram realizar eventos voltados para as atividades audiovisuais.
Também realiza trabalhos de conservação de fotografias.
Como o museu é voltado para a área audiovisual, há um setor que presta orientação técnica na área de cinema e vídeo aos interessados.
Outra ação muito interessante desenvolvida pelo Museu é a catalogação do acervo institucional da Fundação Catarinense de Cultura e das casas a ela vinculadas, e de trabalhos doados pela população relativos à cultura de modo geral.
São realizadas ainda no MIS as oficinas técnicas audiovisuais, que oferecem aos participantes a oportunidade de entrar em contato como que há de melhor na área de cinema e vídeo, além de facilitar a troca de conhecimentos do setor.

Museu de rara importância para o estudo da evolução dos costumes humanos e do próprio Homem.
Ali estão quase 200 esqueletos, em surpreendente estado de conservação, com idade estimada entre 1.055 e 1.552 anos.
O Museu conta com uma ala de zoologia na qual há animais de várias espécies conservados através da taxidermia.
O acervo ainda apresenta arte sacra, numismática (moedas e cédulas), fósseis com até 225 milhões de anos, utensílios indígenas e outros materiais.
O Museu do Homem de Sambaqui guarda, sem dúvida, um dos maiores acervos arqueológico do Brasil.

Instalado em um pequeno edifício, construído no início do século XX em estilo eclético, o prédio abrigou a principal estação de elevação mecânica de esgoto, que mais tarde deu lugar ao mictório público. Em frente à construção está preservada uma bica e parte da balaustrada que servia para limitar o cais e o mar.
O acervo é composto de equipamentos, mapas, ferramentas, fotos e outros objetos ligados à histópria do saneamento na Capital e no Estado.

Sobrado tipicamente luso-brasileiro do final do século XVIII, onde nasceu Victor Meirelles de Lima, uma das maiores expressões da arte brasileira.
Além de obras do célebre pintor, o museu também apresenta exposições periódicas de artistas catarinenses.

Ao longo de mais de dois séculos o Palácio Cruz e Sousa foi sede de importantes fatos políticos do Estado catarinense.
O Antigo Palácio do Governo constitui por si só um verdadeiro Museu - exemplar da arquitetura eclética do século XIX, detentor de um acervo valioso, representativo da memória política barriga-verde, com mobiliários, obras de arte, objetos e documentos oficiais e particulares.

Está instalado em casa tradicional da Vila do Ribeirão da Ilha, por iniciativa do professor Nereu do Vale Pereira, grande pesquisador da Cultura Açoriana.
Possui um acervo eclético, ligado à colonização da Ilha de Santa Catarina e particularmente à freguesia do Ribeirão da Ilha.

Museu, que é particular, guarda o numeroso acervo de Eli Heil, artista catarinense consagrada internacionalmente, constituído por sua pintura, escultura, cerâmica, tapeçaria e desenho.
Em seu acervo há centenas de trabalhos nas mais diversas técnicas desenvolvidas pela própria artista. A artista Eli Malvina Diniz é desenhista, pintora, escultora e ceramista contemporânea. É autodidata premiada, com obras expostas em várias partes do mundo. No Mundo Ovo, seu museu particular, Eli Heil dedica-se à sua obra e exibe, desde 1962, num espaço de exposição permanente, centenas de trabalhos em todas as técnicas exploradas por ela. Destacam-se seu atelier e fantásticas e coloridas figuras esculpidas em cimento, além de um presépio de mais de trinta peças.

Museu de Antropologia da Universidade Federal de Santa Catarina. Seu acervo abrange as áreas de arqueologia, etnologia indígena e cultura popular, possuindo desde ossadas a utensílios indígenas, engenhos de farinha e açúcar, além de guardar a obra do folclorista Franklin Cascaes , que registrou a cultura açoriana em esculturas, desenhos a bico-de-pena e relatos escritos.
Destacam-se ainda, a Coleção de Artes Populares, com objetos, utensílios e ferramentas, oriundos de populações litorâneas.